История формирования Отдела этнографии Сибири начинается в первые годы ХХ в., когда в 1901 г. старшим этнографом Музея становится видный исследователь традиционной культуры, и фольклора народов Амура и Сахалина Л.Я. Штернберг. Вместе с ним в МАЭ работает младшим этнографом также крупный специалист по культуре народов Восточной Сибири Д.А. Клеменц, будущий директор (с 1903 г.) Этнографического отдела Русского музея. В этот период коллегами Л.Я. Штернберга по отделу являются уже имеющие международную известность В.И. Иохельсон и В.Г. Богораз – специалисты по народам Крайнего Северо-Востока Сибири, участники Сибиряковской экспедиции в Якутию (1894 г.), знаменитой Джезуповской экспедиции на Чукотку и Камчатку (1900–1902 гг.) и самой длительной по времени Камчатской экспедиции (1908–1911 гг.).
В это время, с 1894-1918 гг. директором Музея антропологии и этнографии был великий ученый-тюрколог Фридрих Вильгельм (Василий Васильевич) Радлов (Radloff), которому принадлежит заслуга прочтения древнетюркских орхоно-енисейских надписей (разделенная с известным датским ученым Вильгельмом Людвигом Петером Томсеном). Именно эта плеяда не только сформировала Отдел этнографии Сибири, но дало мощной импульс в развитии собственно сибиреведения и становлению отечественной школы этнографии. (см. фото экспозиции по народам Сибири, 1880 г.)
Эта плеяда выдающихся этнографов стала авторами блестящей серии монографических исследований, явившейся результатом их экспедиционной деятельности:

1.Штернберг Л.Я. Гиляки, орочи, гольды, негидальцы, айны. Хабаровск, Дальгиз 1933. С.740.
2.Штернберг Л.Я. Материалы по изучению гиляцкого языка и фольклора. СПб., тип. Академии наук, 1908. С.232.
3.Иохельсон В.И. Материалы по изучению юкагирского языка и фольклора. СПб., Академия наук СССР, 1900. С.240.
4.Iokhelson V.I. The Koryak. New York, G.F.Stechert, 1905-1908. P.842.
5.Iokhelson V.I. The Yakut. New York. American Museum of Natural History, 1933. P.225.
6.Bogoraz V.G. The chukchee. Leiden-New York, E.J.Brill, G.F.Stechert, 1904. P.733.
7.Bogoraz V.G. Chukchee Mythologie. Leiden-New York, American Museum of Natural History, 1910. P.197.
8.Богораз В.Г. Материальная культура чукчей. М., Наука, 1991. С.223.

Одновременно они принимают активное участие в разработке новых, научных принципов этнографических экспозиций МАЭ. В основу их легла теория эволюционного развития человечества и типология культур. Одной из первых явилась экспозиция «Народы Крайнего Северо-Востока», с включенным в нее специальным разделом «Шаманство и шаманы», созданная в 1903 г. В 1925 г. под руководством В.Г. Богораза создается экспозиция «Галерея шаманов», концепция которой отражала соотношение форм сибирского шаманства со стадиями общественного развития народов Сибири, а в 1934 г. возникает экспозиция «Чукотское общество». (см. также фото экспозиции по народам Сибири, 1925 г.)
Важнейшей заслугой этих ученых явилась целенаправленная подготовка молодых специалистов по этнографии Сибири. Организованные Л.Я. Штернбергом в 1910-х годах при МАЭ Инструктивные курсы по этнографии (после революции 1917 г. ставшие Отделом аспирантуры), сыграли огромную роль в становлении блестящей плеяды ученых, постепенно пополнявших Отдел, который в 1933 г получил официальный статус. Среди первых слушателей этих курсов были С.М. Широкогоров (1911–1913), ставший впоследствии известным специалистом по народам тунгусо-манчжурской группы и Б.Э. Петри (1912–1916), посвятивший себя изучению народов Байкальского региона.
В последующие годы в Отделе работали такие крупные этнографы как А.А. Попов, Г.Д. Вербов (заведовал отделом в конце 30-х гг.), В.Н. Васильев, Г.И. Прокофьев, Е.Д. Прокофьева, Г.М. Василевич, Л.Э. Каруновская, А.Г. Данилин, С.В. Иванов, Н.П. Дыренкова, Н.К. Каргер, В.В. Антропова, Н.А. Липская, Л.П. Потапов, создавшие классические труды по этнографии народов Сибири.
Основной задачей, стоявшей перед Отделом в момент его образования, являлся сбор полевого этнографического материала по всем народам Сибири, углубленное изучение традиц ионных культур региона, подготовка и издание монографических исследований. Сотрудники Отдела участвовали в экспедициях Комиссии по изучению племенного состава населения СССР, в Комиссии по изучению Якутской АССР, работая в Западной и Восточной Сибири, на Алтае, Дальнем Востоке, в Якутии. Собранные ими материалы, значительная часть которых хранится в настоящее время в Архиве МАЭ, свидетельствует о том, что в общих чертах поставленная задача была ими выполнена. Их материалы поражают и своим высочайшим научным уровнем, и широтой охвата изучаемой культуры – от описания хозяйства и быта до огромных корпусов фольклорных и шаманских текстов, записанных на языках носителей этих традиций. Это стало возможным в силу высокой профессиональной подготовки, важным условием которой было знание языка изучаемого народа. Основным видом публикаций в эти годы были статьи по различным аспектам традиционных культур Сибири, большинство из которых не утратили своего научного значения и в наши дни. Из монографических исследований успели выйти в свет лишь немногие работы. Это, прежде всего:

1.Василевич Г.М. Сборник материалов по эвенкийскому (тунгусскому) фольклору. Л., Издательство института народов Севера, 1936. С.290.
2.Попов А.А. Тавгийцы. М.-Л., Издательство Академии наук СССР, 1936. С. 110.
3.Потапов Л.П. Очерки по истории Шории. М.-Л., Издательство Академии наук СССР, 1936. С.259.
4.Shirokogoroff S.M. Social Organization of Northern Tungus. Shanghai, The Commercial Press, 1929. P.427.

В послевоенный период (см. фото) научные исследования в Отделе развиваются по двум направлениям. С одной стороны, продолжается всестороннее изучение отдельных народов, что создает широкую панораму истории традиционных культур сибирского региона, с другой – широко разворачиваются исследования, основанные на сравнительно-историческом и сравнительно-типологическом методах. Результатом первого явился целый ряд монографий, научное значение которых заключается не только в исследовании этнической истории народа, описании его культуры, выяснении ее генетических истоков и процессов развития, но и в сохранении всех этих данных для самих коренных этносов Сибири, большая часть которых не имела своей письменной истории, а главное, уже утрачивала свои национальные традиции. Созданные в этот период работы А.А. Попова, Л.П. Потапова (заведующего Отделом в 1946–1967 гг.), Г.М. Василевич, И.С. Вдовина (заведующего Отделом в 1972–1977 гг), Н.Ф. Прытковой, Е.Д. Прокофьевой, В.В. Антроповой, Е.А. Алексеенко, В.П. Дьяконовой, Ч.М. Таксами (заведующего Отделом в 1977–2001 гг.) несут в себе огромную научную значимость. Здесь следует упомянуть также коллективную работа сотрудников Отдела «Народы Сибири» (1956), опубликованную в серии «Народы мира».
С конца 60-х годов одной из приоритетных тем становится изучение традиционных религиозных верований коренных народов региона. Обобщающим исследованием по этой теме стали три коллективных монографии:

1.Вдовин И.С. (Ред.). Природа и человек в религиозных представлениях народов Сибири и Севера. Л., Наука, 1976. С.333.
2.Вдовин И.С. (Ред.). Проблемы истории общественного сознания аборигенов Сибири. Л., Наука, 1981. С.284.
3.Вдовин И.С. (Ред.). Христианство и ламаизм у коренного населения Сибири. Л., Наука, 1979. С.227.

В рамках второго направления сотрудниками Отдела в 1961 г. был издан «Историко-этнографический атлас Сибири », который содержит подробное описание материала по одежде, транспорту, шаманским бубнам, его анализ, классификацию и типологию. Он снабжен богатейшим иллюстративным материалом и картами распространения различных типов всех отраженных в нем элементов культуры и представляет собой уникальное явление в отечественной этнологии. В этом же ключе выполнена коллективная монография «Одежда народов Сибири» (1971 ).
Особое место в научно-исследовательской деятельности Отдела занимают труды С.В. Иванова (заведующий Отделом в 1967–1972 гг). Его монографические работы и статьи представляют собой поистине энциклопедию народного художественного творчества коренного населения Сибири.
Отдельной страницей в историю Отдела вписано комплексное археолого-этнографическое изучение Тувы и прилегающих районов Монголии. Возглавлявшаяся Л.П. Потаповым экспедиция работала в поле в течение девяти сезонов. Результатом этой огромной работы стало издание прекрасно иллюстрированного трехтомника (1960, 1966, 1970 ).
Большое значение в работе Отдела имела и организация в 1988 г. периодической конференции «Сибирские чтения», проводимой раз в три года.