В последнее десятилетие сотрудниками отдела было выпущено несколько монографий, посвященных различным аспектам культуры отдельных этносов – эвенкам и якутам юга Дальнего Востока, хантам и манси, кетам, негидальцам, традиционной культуры народов Восточных Саян. Важной составляющей научной работы Отдела в этот период были исследования по этнической истории народов Сибири, в которых широко использовались новые данные архивных источников, углубленный анализ опубликованных материалов и музейных коллекций. Они завершились выходом в свет двух коллективных работ:

1.Сибирь: древние этносы и их культуры (1996, при финансовой поддержке РГНФ)
Сборник посвящен этнической истории Сибири до образования Российского государства. Статьи охватывают значительную часть региона - от Западной Сибири до Крайнего Северо-Востока - и дают широкую картину этнических процессов на протяжении нескольких тысячелетий. Особое внимание уделено характеристике социального, культурного и этнического уровней развития сибирских народов к моменту столкновения их с русским этносом.

2.Народы Сибири в составе Государства Российского (1999)
Монография посвящена этнической истории народов Сибири в период возникновения и формирования Российского государства. Вхождение этой части азиатского континента в состав Московской Руси и сложение основного ядра будущей империи имели в своей основе сложные этногенетические и этнокультурные процессы, в результате которых сформировались многие современные народы сибирского региона. Важнейшую роль в этих процессах играл русский этнос и российская государственная система, определившие основные направления в развитии этно- и культурогенеза коренных народов Сибири в XVI-XIX вв.

Новым направлением в исследовательской деятельности Отдела стало обращение к широким культурологическим проблемам – рассмотрению сибирского материала в контексте евразийского пространства и шире – Старого Света. Работа началась с организации крупных всероссийских конференций, материалы которых были опубликованы:

1.«Природа и цивилизация: реки и культуры» (1997, при финансовой поддержке РГНФ, проект № 99-01-16298а)
Сборник посвящен проблемам взаимодействия и взаимообусловленности природы и культуры, а также воздействия ландшафта на процессы этно- и культурогенеза

2.«Этнос ландшафт, культура» (1999),

3.«Лев Николаевич Гумилев. Теория этногенеза и исторические судьбы Евразии» (2002, финансовая поддержка РГНФ, проект № 02-01-14024).

Одним из результатов работы явился сборник статей «Евразия: этнос, ландшафт, культура» (2001, финансовая поддержка РГНФ проект № 99-01-16298а), в котором наряду с сотрудниками Отдела приняли участие сотрудники Отдела этнографии Кавказа и Отдела Центральной Азии МАЭ.
Этот сборник, посвящен этногенетическим и этнокультурным процессам, протекавшим на территории исторической Евразии в различные периоды ее истории и создававшим ее особый неповторимый облик, значительно отличающийся от других культурных миров Старого Света. Под «исторической Евразией» авторы, вслед за учеными, создавшими евразийскую теорию, понимают этнокультурное пространство между Западом и Востоком, которое на протяжении тысячелетий было связано общими историческими судьбами, а к концу XIX в. оформилось в единое многонациональное государство – Российскую Империю.

В течение 2003-2005 гг. Отдел работал над тремя большими проектами: «Сибирь в свете этногенетических и геополитических процессов на территории Евразии (XVI – начало XX в.)», «Сибирь на рубеже тысячелетий: традиционная культура в контексте современных экономических, социальных и этнических процессов» (указанные темы проводились в рамках проекта «Историко-культурная эволюция, современное положение и перспективы устойчивого развития коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока» при Финансировании по Программе фундаментальных исследований Отделения историко-филологических наук РАН) и «Мифология смерти: семантика, функция и структура погребальных обрядов в традиционных культурах Сибири». Результатом этих проектов стал выход в свет и подготовка к печати серии монографических исследований, а аткже два сборника статей: "Сибирь на рубеже тысячелетий" (2005) и "Мифология смерти" (подготовлен к печати, выход в свет намечен на первую половину 2006 г.)

В течение многих лет Отдел этнографии Сибири проводит Сибирские чтения , на которые съезжаются ученые из разных городов России и зарубежья с целью обсуждения основных проблем истории, культуры и современного развития народов Сибири.

Летом 2005 года в Санкт-Петербурге прошел VI Конгресс этнологов и антропологов России. На Конгрессе работала секция "Мифология смерти" (рук.секции к.и.н. Л.Р.Павлинская), а также была организована выставка "Моя Евразия" по материалам экспедиционных поездок сотрудников Отдела этнографии Сибири, Отдела этнографии Центральной Азии (рук. д.и.н. Р.Р.Рахимов) и Отдела этнографии Кавказа (рук. д.и.н. Ю.Ю.Карпов).

С 2006 г. сотрудники Отдела приступают к теме, продолжающей изучение обрядов жизненного цикла в традиционных культурах Старого и Нового Света. Проект "От бытия к небытию. Этиология смерти и погребально-поминальная обрядность (функциональный и историко-генетический аспекты)" будет проводится совместно двумя Отделами МАЭ РАН, Отделом этнографии Сибири и Отделом этнографии Америки. Руководители проекта д.и.н. Ю.Е. Березкин и к.и.н. Л.Р. Павлинская.

Летом 2006 г. И.А. Грачевым при участии сотрудников Отдела этнографии Сибири МАЭ РАН была организована в Хакасии фотовыставка "Душа народа", посвященная деятельности хакаского фотографа и этнографа С.Д. Майнагашева.

В 2007 г. Отдел этнографии Сибири выпустил в свет сборник научных статей "Реки и народы Сибири".